Cerita di film ini dimulai dengan suasana yang langsung menegangkan. Dunia telah hancur oleh sebuah peristiwa bencana global yang disebut "Second Impact". Kota Tokyo-3 kini menjadi benteng terakhir umat manusia yang terancam oleh makhluk raksasa misterius bernama (malaikat).

Evangelion: 1.0 You Are (Not) Alone is the first film in the tetralogy (2007–2021), a reimagining of the classic 1995 anime Neon Genesis Evangelion . For those intending to “nonton” (watch) this film, understanding its place in the franchise, its visual upgrades, and its subtle narrative changes is essential. The film covers the first six episodes of the original series but introduces modern animation, altered character dynamics, and a more streamlined plot.

Meski film ini lebih "ramah" dibanding serial asli, tetap ada adegan-adegan emosional yang menusuk hati, terutama saat Shinji harus menyaksikan EVA-01 menghancurkan Angel yang mirip dengan ibunya.